Lê Minh Sơn đã lập gia đình và có hai con trai. Quan điểm của anh là không coi trọng thành tích học của con cái vì cho rằng "một đứa trẻ phải được sống đúng với nó. Trẻ thơ không biết gì cả, như tờ giấy trắng ấy, mình vẽ vào cái gì thì nó ra được cái đó (...) còn mình bây giờ đục quá rồi, vẩy màu không lên màu được nữa. Lúc mình biết 1 cộng 1 bằng 2 thì cuộc sống lúc bấy giờ chán lắm, nên khi con tôi nó bảo 1 cộng 1 bằng 4 thì tôi thích lắm, bởi vì nó vẫn là đứa trẻ thật sự."